Türkiye’deki IPA finansmanı çoğunlukla dolaylı yönetim çerçevesinde AB Mali Düzenlemelerinin öngördüğü tüm koşulları karşıladığı belirlenen, güvenilir Türk kurumları tarafından sağlanır. Bazı faaliyetler doğrudan yönetim kapsamına girebilir. Doğrudan yönetim, bütçenin doğrudan Avrupa Komisyonu hizmetleri üzerinden sağlanması anlamına gelmektedir.

Dolaylı yönetim sisteminde Ulusal IPA Koordinatörü (NIPAC) olarak Dışişleri Bakanlığı Avrupa Birliği Başkanlığı, sistemin genel koordinasyonuna ilişkin kilit sorumlulukları üstlenmekte olup buna programın hazırlanması ve izleme süreçleri de dahildir.

Hazine Müsteşarlığı, Ulusal Yetkilendirme Görevlisi olarak hizmet vermekte olup Türkiye’ye verilen IPA fonlarının mali yönetimine ilişkin tüm sorumluluğu üstlenir ve harcamaların hukuka ve kurallara uygunluğunu sağlar. Ulusal Yetkilendirme Görevlisi, IPA hesapları ile mali işlemlerin yönetiminden ve iç kontrol sistemlerinin etkin bir şekilde işleyişinden sorumludur.  

İdarî açıdan Hazine’ye bağlı olan Merkezi Finans ve İhale Birimi (MFİB), IPA altında gerçekleştirilen satınalma işlemlerinde; bütçelerin hazırlanması, ihaleler, sözleşmelerin yapılması, ödemeler, muhasebe ve mali raporlamadan sorumludur. Bütçe uygulamaları ile ilgili görevleri üstlenen ve çok yıllık sektörel operasyonel programlar ile ilgilenen diğer dört ihale makamı ise şu şekilde sıralanabilir:

• Çevre ve İklim eylemleri sektörü için Çevre ve Şehircilik Bakanlığı;
• Rekabet edebilirlik ve inovasyon sektörü için Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı;
• Ulaşım sektörü için Ulaştırma ve Altyapı Bakanlığı;
• Eğitim, istihdam ve sosyal politikalar sektörü için Çalışma ve Sosyal Güvenlik Bakanlığı.

IPA, Bölgesel Kalkınma Programı (IPARD) kapsamında seçilen illerde uygulama ve ödemelerden Tarım ve Kırsal Kalkınmayı Destekleme Kurumu sorumludur.